El 26 de noviembre de 1985, la Guardia Civil detiene en Donostia a Mikel Zabalza junto a su primo Manuel Bizkai. También son arrestadas su compañera sentimental Idoia Aierbe y Ion Arretxe. En Orbaizeta son detenidos los hermanos de Mikel Zabalza, Patxi y Aitor, que serán puestos en libertad 10 horas después. A todos ellos se les aplica la Ley Antiterrorista, por lo que son incomunicados. Al día siguiente se informa de que Mikel Zabalza ha desaparecido. La versión oficial dice que se ha escapado lanzándose al río Bidasoa cuando este se disponía a indicar a varios guardias civiles la localización de un zulo.
Inmediatamente comenzarón las labores de búsqueda, pero las esperanzas de encontrar a Mikel con vida se van desvaneciendo con el paso de los días y con las informaciones que apuntalan la hipótesis de que Zabalza ha muerto a consecuencia de las torturas sufridas en el cuartel de la Guardia Civil de Intxaurrondo. Comienzan a producirse las primeras movilizaciones y denuncias públicas por parte de agentes políticos y sociales, incluso el gobernador civil de Gipuzkoa, Julen Elorriaga, muestra su preocupación por el caso Zabalza y tilda de “rocambolesca” la versión policial.
Los testimonios de quienes han sido detenidos junto a Mikel Zabalza avalan la versión de que Zabalza habría muerto tras la aplicación de la bolsa o la bañera. Sin embargo, y pese a las numerosas contradicciones, la versión oficial se mantiene y el ministro de Interior Jose Barrionuevo se ve obligado a declarar que Mikel Zabalza acabará por aparecer. 20 días después de su desaparición, el 15 de diciembre, y en una zona que tan solo unas jornadas antes había sido rastreada intensamente por los buceadores de la Cruz Roja, aparece flotando el cuerpo de Mikel Zabalza ante una patrulla de la Guardia Civil.
Euskal Herria, conmocionada, arropa a la familia con una movilización social sin precendentes y protesta contundentemente ante lo que no dudan en calificar como un “asesinato de Estado”.
La dificultad para determinar las causas y circunstancias de la muerte de Mikel Zabalza, sumado a la desidia judicial y los obstáculos que quienes buscan la verdad se encuentran por parte de las autoridades españolas, hace que casi 35 años después, no se haya juzgado a nadie como responsable de la muerte del vecino de Orbaitzeta ni que se conozca a ciencia cierta qué ocurrió.